La conservación de la biodiversidad in situ desde el ámbito municipal, especialmente la que está enmarcada en la protección de biodiversidad a escala local, ha experimentado importantes cambios durante la última década. En América Latina se discute actualmente sobre la competencia o no de los gobiernos locales para declarar áreas protegidas y su rol en la gestión de estas áreas. Algunos países han reconocido la necesidad de involucrar a los municipios en la gestión de áreas protegidas locales. Con el objetivo de apoyar esta iniciativa, se está implementando en Brasil, Ecuador, Perú y Colombia el Proyecto Áreas Protegidas Locales que busca fortalecer el papel de los municipios en la conservación. Actualmente en Colombia y Perú no se incluyen categorías de áreas protegidas del ámbito de gestión público local en los sistemas nacionales de áreas protegidas. A pesar de esto, las áreas de conservación local se identifican, se crean y se gestionan desde los municipios.
Colombia cuenta con un marco constitucional y desarrollo normativo, que ha ratificado la competencia de entidades territoriales en la conservación de áreas de especial importancia ecológica, reconociendo la facultad de estas en dictar normas necesarias para preservación, y defensa del patrimonio ecológico, así como la competencia especial de municipios en regulación de usos del suelo con el establecimiento de suelos de protección (reservas naturales de interés municipal, sistemas o complejos de humedales, parques naturales municipales y zonas de importancia hídrica, entre otras). En muchos casos, a través de los Concejos Municipales, se establecen figuras de conservación que son integradas a los instrumentos de ordenamiento territorial como resultado de esfuerzos e iniciativas provenientes de diversos actores en estas escalas.
Algunos municipios han conformado Sistemas Municipales o Locales de Áreas Protegidas (Simap o Silap) entendidos como espacios fundamentales que articulan actores institucionales y sociales para gestionar áreas protegidas (públicas, privadas) y estrategias de conservación, definiendo mecanismos e instrumentos de gestión. En procesos de ordenamiento territorial estos sistemas constituyen insumos importantes que contribuyen a precisar determinantes ambientales que expiden corporaciones autónomas o de desarrollo sostenible, en la respectiva jurisdicción territorial. Contar con la identificación de áreas de conservación y estrategias complementarias en un sistema local fortalece la toma de decisiones tanto a nivel regional como municipal, por ejemplo en planes de ordenamiento territorial y planificación supramunicipal.
A pesar de los avances logrados en el país, la gestión municipal en la conservación aún enfrenta diversos retos, que superan los relacionados con la inclusión de sus iniciativas en un sistema nacional que las reconozca formalmente. Estos retos tienen que ver también con la gestión de suelo público para su desarrollo, las compensaciones a propietarios, la administración y mantenimiento de estas áreas, entre otros, que una vez superados harían más viable la gestión de iniciativas valiosas que aportan en gran medida a la conservación de la biodiversidad, a la prevención de riesgos, a la adaptación al cambio climático y al mejoramiento de las condiciones de vida de las poblaciones.